ऐतिहासिक रुपमा बहादुर शाहको नायवी तथा रणबहादुर शाहको शासनकालमा बाईसे राज्यहरुः रुकुमकोट, मुसिकोट, गोतामकोट, आठविसकोट, बाँफिकोट, कोटजहारी नेपाल अधिराज्यमा गाभिएको पाइन्छ।वि.स.२०१८ सालमा देशलाई १४ अञ्चल ७५ जिल्लामा विभाजित गरिए पछि राप्ती अञ्चलको रुकुम जिल्लाको रुपमा यस जिल्लाले मान्यता पाएको अवस्थामा मुसिकोट क्षेत्र पनी यसै जिल्लामा रहन गएको थियो। त्यस बेला यस रुकुम जिल्लाको सदरमुकाम अग्ला पर्वतहरुको सानो खोचमा रहेको रुकुमकोटमा रहेको थियो।वि.स.२०३० सालमा यस रुकुम जिल्लाको जिल्ला सदरमुकाम जुम्लीखलंगामा सारिए पछि यस स्थानलाई मुसिकोट खलंगा भन्न थालिएको थियो। मुसिकोट नगरपालिकाको ऐतिहासि पृष्ठभुमी मुसिकोट दरबार (मुसिकोट मन्दिरको रुपमा रहेको) सँग पनि जोडेर हेर्न सकिन्छ। मध्यकालमा मुसिकोट राज्यका कुनै राजाले मुसीना मगरेकी सुसारे पात्रलाई त्यस क्षेत्रमा बसोबास गराए सँगै यस स्थानको नाम मुसिकोट रहन गएको किम्बदन्ती समेत सुन्न पाईन्छ। हाल मुसिकोट नगरपालिकाको वडा नं.४ मा भएको मुसिकोट दरबारमा भएको मुसीको प्रतीमा रहेको कारण पनी यो स्थान उनै मुसी नामकी सुसारेको नामबाट रहन गएको अनुमान लगाउन सकिन्छ।